Os departamentos do Governo Regional são os seguintes:
- a)Presidência do Governo Regional (PGR), que compreende o Secretário Regional da Presidência (SRP) e o Subsecretário Regional dos Assuntos Europeus e Cooperação Externa (SSRAECE);
- b)Vice-Presidência do Governo Regional (VPGR);
- c)Secretaria Regional da Educação e Formação (SREF);
- d)Secretaria Regional da Ciência, Tecnologia e Equipamentos (SRCTE);
- e)Secretaria Regional da Economia (SRE);
- f)Secretaria Regional do Trabalho e Solidariedade Social (SRTSS);
- g)Secretaria Regional da Saúde (SRES);
- h)Secretaria Regional da Agricultura e Florestas (SRAF);
- i)Secretaria Regional do Ambiente e do Mar (SRAM), que compreende o Subsecretário Regional das Pescas (SSRP).