Para o exercício das suas competências, o IAMA dispõe dos seguintes serviços:
1) Serviços de concepção e apoio:
- a)Repartição dos Serviços Administrativos (RSA);
- b)Gabinete Técnico (GT)
- c)Direcção de Serviços de Organização e Gestão (DSOG);
2) Serviços operativos:
- a)Direcção de Serviços de Mercados Agrícolas (DISMA);
- b)Direcção de Serviços de Qualidade (DSQ);
3) Serviços externos:
- a)Matadouro de São Miguel (MSM);
- b)Serviço de Classificação de Leite de São Miguel (SERCLASM);
- c)Delegações da Terceira (DTER) e do Faial (DFL).