Para a prossecução dos seus objectivos a SRAP dispõe dos seguintes órgãos e serviços:
1) Órgãos de carácter consultivo:
- a)Conselho Regional da Agricultura (CRA);
- b)Conselho Regional das Pescas (CRP);
2) Órgão de concepção, coordenação e apoio técnico:
Gabinete de Planeamento (GP);
3) Órgão de apoio instrumental:
Repartição de Serviços Administrativos (RSA);
4) Órgãos operativos:
- a)Direcção Regional do Desenvolvimento Agrário (DRDA)
- b)Direcção Regional dos Recursos Florestais (DRRF);
- c)Direcção Regional das Pescas (DRP).