O Secretário Regional do Mar e das Pescas exerce as suas competências nas matérias seguintes:
- a)Oceanografia, pescas e aquicultura;
- b)Valorização e preservação do meio marinho, em colaboração com o departamento do Governo Regional com competências em matéria de valorização e preservação do meio marinho costeiro;
- c)Ordenamento do espaço marítimo até ao limite exterior da Zona Económica Exclusiva - Sub-Região Açores;
- d)Planeamento e gestão das áreas marinhas protegidas em colaboração com o departamento do Governo Regional com competências em matéria de ordenamento, valorização e preservação do ambiente marinho costeiro;
- e)Ordenamento e cogestão integrada com o Estado, do espaço marítimo para além do limite exterior da Zona Económica Exclusiva - Sub-Região Açores;
- f)Cooperação com a Autoridade Marítima Nacional;
- g)Colaboração com a investigação científica marinha;
- h)Atividades marítimo-turísticas;
- i)Inspeção Regional das Pescas e de Usos Marítimos;
- j)Fundo de Compensação Salarial dos Profissionais da Pesca dos Açores (FUNDOPESCA).