A DSIA compreende quatro divisões, uma secção técnica e uma secção de apoio administrativo:
- a)Divisão de Análises Agrícolas;
- b)Divisão de Fitopatologia;
- c)Divisão de Inspecção Fitossanitária;
- d)Divisão de Protecção Integrada;
- e)Secção de Cultura de Tecidos Vegetais;
- f)Secção de Apoio Administrativo à DSIA.