Constituem objectivos fundamentais das ZPE de Monchique e do Caldeirão:
- a)A conservação de espécies de aves de rapina florestais incluídas no anexo A-I do Decreto-Lei n.º 140/99, de 24 de Abril, na redacção dada pelo Decreto-Lei n.º 49/2005, de 24 de Fevereiro, bem como dos seus ovos, ninhos e habitats, com destaque particular para a águia de Bonelli (Hieraeetus fasciatus), a águia-cobreira (Circaetus gallicus) e o bufo-real (Bubo bubo);
- b)Assegurar a representatividade nacional dos territórios designados como ZPE para a conservação da águia de Bonelli;
- c)A protecção, a gestão e o controlo das espécies referidas na alínea a) e das demais espécies incluídas no anexo A-I do Decreto-Lei n.º 140/99, de 24 de Abril, na redacção dada pelo Decreto-Lei n.º 49/2005, de 24 de Fevereiro, por forma a garantir a sua sobrevivência e a sua reprodução.