Sem prejuízo das competências que lhe sejam conferidas por lei, regulamento ou que nele sejam delegadas ou subdelegadas, compete ao Secretário-Geral do MNE, com faculdade de delegação:
- a)Dirigir o CAPE;
- b)Proceder à distribuição das tarefas pelos técnicos superiores, no contexto das atribuições dos diferentes serviços internos e organismos tutelados pelo MNE;
- c)Designar os chefes de equipas multidisciplinares;
- d)Avaliar o desempenho profissional dos técnicos superiores, em colaboração com os responsáveis dos órgãos ou serviços do MNE a que aqueles tenham prestado apoio relevante;
- e)Representar o CAPE junto de outros serviços e de entidades nacionais, internacionais e estrangeiras.