A organização interna da DGS obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de suporte e operativa, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de apoio e acompanhamento à Autoridade de Saúde Nacional, incluindo a Avaliação e Gestão de Riscos Associados a Radiações, o modelo de estrutura matricial assente em equipas multidisciplinares.