O Secretariado compreende os seguintes serviços:
- a)Direcção de Serviços dos Mercados Agrícolas (DSMA);
- b)Direcção de Serviços das Estruturas Agrícolas e dos Assuntos Económicos e Financeiros (DSEAAEF);
- c)Departamento dos Assuntos Jurídicos (DAJ);
- d)Departamento de Serviços da Política Comercial e Relações Externas (DSPCRE);
- e)Centro de Organização, Documentação e Informação Pública (CODIP);
- f)Repartição Administrativa (RA).