A organização interna da DGPGF obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de actividade relativas à prossecução de atribuições nos domínios orçamental, planeamento e avaliação, dos sistemas e tecnologias de informação, é adoptado o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de actividade relativas ao desenvolvimento de projectos transversais relacionados com a modernização dos sistemas administrativos e dos processos de trabalho e a interoperabilidade dos sistemas de informação, é adoptado o modelo de estrutura matricial.