Independentemente da fiscalização permanente da Inspecção-Geral de Finanças, a que o INGA está submetido, nos termos do artigo 6.º do Decreto-Lei n.º 96/86, de 13 de Maio, as respectivas contas de gerência ficam sujeitas a julgamento do Tribunal de Contas, nos termos da legislação em vigor