A organização interna dos serviços obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de actividade relacionadas com a prossecução de atribuições nos domínios da estatística, do planeamento, das relações internacionais, dos sistemas e tecnologias da informação e da administração geral, é adoptado o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de actividade de desenvolvimento de projectos transversais relacionados com a modernização administrativa, a inovação e o desenvolvimento de processos, o acompanhamento e monitorização das políticas educativas, a auditoria e a interoperabilidade dos sistemas de informação e a difusão da informação, é adoptado o modelo de estrutura matricial.