A organização interna dos serviços obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de actividade relacionadas, nomeadamente, com a prossecução de atribuições nos domínios da administração geral, da organização, planeamento e formação, da informação e da documentação, dos sistemas e tecnologias de informação, do apoio jurídico e contencioso, do aprovisionamento integrado e compras electrónicas, das instalações e gestão do património imobiliário e do funcionamento do Centro de Caparide, é adoptado o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de actividade relacionadas com a prossecução das atribuições a que se referem as alíneas h) e l) do n.º 2 do artigo 2.º, bem como com o desenvolvimento de projectos transversais nos domínios da modernização dos sistemas administrativos e dos processos de trabalho e com a coordenação inter-serviços nos processos de gestão conjunta dos recursos do ME, é adoptado o modelo de estrutura matricial.