A organização interna dos serviços obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de actividade relacionadas com a prossecução das atribuições nos domínios da educação pré-escolar, do ensino básico e do ensino secundário, das necessidades especiais de educação e orientação e apoios sócio-educativos, da inovação educacional e planos curriculares específicos, bem como dos estudos de equipamentos educativos, material didáctico e administração geral, é adoptado o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de actividade a que se referem as alíneas l) e m) do n.º 2 do artigo 2.º, do apoio jurídico, do desporto escolar, da educação para a saúde, orientação e apoios educativos, comunicação externa, edições e gestão documental e de desenvolvimento de projectos transversais relacionados com a missão e atribuições da DGIDC, é adoptado o modelo de estrutura matricial.