A organização interna dos serviços obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)O modelo de estrutura hierarquizada envolve as áreas da inovação e competitividade empresarial, do desenvolvimento sustentável, da coordenação do relacionamento económico externo, da política comercial externa, da indústria transformadora, do comércio e distribuição, do turismo e empresas de serviços e da coordenação operacional das direcções regionais da economia, as quais serão desenvolvidas no âmbito da estrutura nuclear e flexível dos serviços;
- b)O modelo de estrutura matricial envolve as áreas da regulamentação sectorial e simplificação administrativa e de apoio à presidência portuguesa da União Europeia, as quais serão desenvolvidas por projectos e com objectivos específicos.