A organização interna da DGS obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de suporte e operativa, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de actividade relativas às unidades de apoio ao Centro de Atendimento do Serviço Nacional de Saúde (CASNS), à Autoridade de Saúde Nacional (ASN) e à Unidade de Apoio às Emergências de Saúde Pública (UESP), o modelo de estrutura matricial.