O objectivo do presente Protocolo é promover a todos os níveis adequados, quer nacionalmente quer em contextos transfronteiriços e internacionais, a protecção da saúde e do bem-estar humanos, individuais e colectivos, num quadro de desenvolvimento sustentável, através de uma melhor gestão da água, incluindo a protecção dos ecossistemas aquáticos, e da prevenção, controlo e redução das doenças relacionadas com a água.