A finalidade do Protocolo é estabelecer o âmbito e as formas de cooperação, através dos departamentos governamentais adequados, a saber, a Direcção-Geral do Ordenamento do Território, a Direcção-Geral do Desenvolvimento Regional, o Instituto de Investigação Científica Tropical, o Instituto Geográfico e Cadastral e o Instituto para a Cooperação Económica, pela Parte portuguesa, e os organismos similares do Ministério das Obras Públicas, Construção e Urbanismo, pela Parte guineense.