A Secção de Depósito faz parte do Departamento da Haia. É responsável pelo exame do pedido de patente europeia no momento do depósito e quanto a certas irregularidades até à apresentação do pedido de exame ou até que o requerente tenha declarado, em conformidade com o artigo 96.º, parágrafo 1, que mantém o seu pedido. É também responsável pela publicação do pedido de patente europeia e do relatório de pesquisa europeia.