O SCI estrutura-se em três níveis de controlo:
- a)Operacional - consiste na verificação, acompanhamento e informação, centrado sobre decisões dos órgãos de gestão das UO e é constituído pelos órgãos e serviços de controlo inseridos no âmbito da respetiva valência;
- b)Setorial - consiste na verificação, acompanhamento e informação perspetivados preferencialmente sobre a avaliação do controlo operacional e sobre a adequação da inserção de cada unidade operativa na respetiva área;
- c)Estratégico - consiste na verificação, acompanhamento e informação, perspetivados, preferencialmente, sobre a avaliação do controlo operacional e controlo setorial, bem como sobre a realização das metas traçadas nos instrumentos previsionais.