A Universidade de Lisboa integra ainda, dependendo directamente da Reitoria, os seguintes institutos e museus:
- a)Instituto Bacteriológico de Câmara Pestana;
- b)Instituto Geofísico do Infante D. Luís;
- c)Instituto de Orientação Profissional;
- d)Museu Nacional de História Natural (englobando o Museu de Bocage, o Museu e Jardim Botânico e o Museu Mineralógico e Geológico);
- e)Museu de Ciência.