O CICECO estrutura-se em Linhas de Investigação e Grupos de Investigação, constituídos em função das áreas científicas previstas no artigo 3.º ou de áreas de saber científicas afins.
A criação de Linhas de Investigação e Grupos de Investigação é proposta e aprovada pela Comissão Coordenadora.
As Linhas de Investigação e os Grupos de Investigação constam do Anexo I, o qual pode ser alterado pela Comissão Coordenadora.
Os Coordenadores das Linhas de Investigação e Grupos de Investigação são nomeados pelo Diretor do CICECO por um período de três anos, competindo-lhes:
Representar, em articulação com os restantes órgãos, as Linhas e os Grupo;
Coordenar a definição de objetivos e estratégias das Linhas e dos Grupos, promovendo a sua persecução e implementação;
Gerir a pertinente informação e assegurar a sua eficiente difusão entre os membros das Linhas e dos Grupos;
Elaborar contributos para os planos e relatórios referentes à atividade das Linha e dos Grupos, depois de ouvidos os seus membros adstritos;
Convocar e coordenar as reuniões das Linhas e dos Grupos com todos os membros que os integram, para planificação e avaliação de atividades de investigação e discussão de outros assuntos de interesse geral;
Organizar eventos que promovam a colaboração intra e inter Linhas e Grupos do CICECO.