Pela diversidade das áreas científicas cultivadas na FML e pela profundidade dos conhecimentos nela existentes, a Faculdade é interlocutor privilegiado para consulta técnica pelos organismos do Estado ou privados sobre problemas de saúde ou de doença, assim como participa activamente nas decisões de carácter técnico dos serviços com os quais mantenha ou venha a estabelecer relações, nomeadamente os dependentes do Ministério da Saúde, como o Hospital de Santa Maria e o Instituto Oftalmológico do Dr. Gama Pinto, ou do Ministério da Justiça, como o Instituto de Medicina Legal.
A FML tem também como objectivos próprios a prestação de serviços à comunidade pela aplicação técnica dos seus conhecimentos e capacidades.