O secretário-geral é nomeado pela entidade instituidora, ouvido o reitor, por períodos, renováveis, de três anos, competindo-lhe, sem prejuízo de outras funções que lhe sejam cometidas, o exercício da gestão corrente das actividades do conselho de direcção e a preparação e execução das deliberações deste órgão.
O secretário-geral superintende os serviços académicos, os serviços técnicos, os serviços auxiliares e os serviços de apoio social.