Face à sua entidade instituidora e ao Estado, no quadro do projecto educativo específico da Instituição, a UATLA goza, no âmbito da lei, de autonomia cultural, científica e pedagógica, cujos exercício e garantia cabem aos respectivos órgãos científico-pedagógicos.
No quadro genérico das suas actividades, a UATLA pode, no âmbito da lei, realizar acções comuns com outras entidades, públicas ou privadas, nacionais ou internacionais, compatíveis com a sua natureza e os seus fins.
As autonomias mencionadas no nº. 1 serão exercidas no respeito pelo disposto no n.º 3 do artigo11.º
Os planos de estudos e os programas dos cursos, bem como os métodos, os conteúdos de ensino e as técnicas pedagógicas utilizadas são próprios da entidade instituidora e da UATLA, que por eles são responsáveis.