Compete à comissão coordenadora científica, designadamente:
- a)Eleger o diretor de entre os membros integrados fundadores e efetivos do Okeanos;
- b)Propor a destituição do diretor por maioria de 2/3 dos seus membros;
- c)Aprovar o regulamento do Okeanos e respetivas alterações por maioria de 2/3 dos seus membros;
- d)Aprovar a proposta do plano estratégico de desenvolvimento a médio e longo prazo do Okeanos, a submeter ao reitor;
- e)Aprovar as propostas de plano e relatórios anuais de atividades do Okeanos, a submeter ao reitor;
- f)Pronunciar-se sobre as propostas de contratação de investigadores e técnicos para a o Okeanos;
- g)Decidir sobre as propostas de admissão e exclusão de membros do Okeanos;
- h)Pronunciar-se sobre o convite dos membros conselheiros;
- i)Atribuir o título de membro honorário a ex-membros integrados do Okeanos por maioria de 2/3 dos seus membros;
- j)Decidir sobre a criação e extinção de Unidades Científicas e pronunciar-se sobre a indigitação ou destituição dos respetivos coordenadores;
- k)Pronunciar-se sobre a participação do Okeanos em outras entidades, de natureza pública ou privada, e indicar ou propor os seus representantes nos respetivos órgãos quando a situação assim o determinar;
- l)Aprovar a política interna e externa para a partilha e a cedência de dados científicos produzidos no âmbito das atividades do Okeanos;
- m)Aprovar a proposta de criação de estruturas funcionais e submetê-las ao reitor para homologação.