A FMDUP é uma instituição que tem como missão a educação universitária, a qual compreende a formação e a investigação na área da saúde oral dentro de modelos internacionalmente reconhecidos, bem como a preparação profissional e inserção social, dentro de padrões humanistas e culturais.
A FMDUP é um centro de criação, transmissão e difusão da cultura, da ciência e da tecnologia, ao serviço do homem, com respeito por todos os seus direitos.
Para a prossecução dos seus objectivos, a FMDUP presta serviços à comunidade regulada pelos seus interesses científico-pedagógicos.