Os Departamentos da FFUP têm os seguintes Laboratórios:
- a)Departamento de Ciências Químicas
a. Laboratório de Bromatologia e Hidrologia
b. Laboratório de Química Analítica e Físico-Química
c. Laboratório de Química Orgânica e Farmacêutica
d. Laboratório de Farmacognosia
- b)Departamento de Ciências Biológicas
a. Laboratório de Bioquímica
b. Laboratório de Microbiologia
c. Laboratório de Toxicologia
- c)Departamento de Ciências do Medicamento
a. Laboratório de Farmacologia
b. Laboratório de Tecnologia Farmacêutica