As unidades orgânicas flexíveis não integradas em unidades orgânicas nucleares são as seguintes:
- 1 -Divisão de Proteção Civil;
- 1.1 -Unidade Técnica Florestal, que corresponde a uma unidade de direção intermédia de 3.º grau;
- 1.2 -Unidade de Planeamento de Emergência, Riscos e Proteção Ambiental, que corresponde a uma unidade de direção intermédia de 3.º grau;
- 1.2.1 -Secção de Operações e Proteção Ambiental, que corresponde a uma subunidade orgânica, dirigida técnica e administrativamente por um coordenador técnico;
- 1.3 -Unidade de Segurança Contra Incêndio em Edifícios, que corresponde a uma unidade de direção intermédia de 3.º grau;
- 2 -Divisão de Policia Municipal;
- 3 -Divisão de Coesão Territorial e Acompanhamento das Freguesias;
- 4 -Divisão do Desporto, Juventude, Associativismo e Participação Cívica;
- 4.1 -Unidade do Aeródromo, que corresponde a uma unidade de direção intermédia de 3.º grau;
- 4.2 -Unidade do Gabinete de Saúde que corresponde a uma unidade de direção intermédia de 3.º grau;
- 4.3 -Unidade da Juventude que corresponde a uma unidade de direção intermédia de 3.º grau;
- 5 -Divisão de Coesão Social e Solidariedade;
- 6 -Divisão do Ambiente, Alterações Climáticas e Politica Animal;
- 6.1 -Unidade da Quinta Pedagógica que corresponde a uma unidade de direção intermédia de 3.º grau;
- 6.2 -Unidade do Parque de Campismo e Caravanismo que corresponde a uma unidade de direção intermédia de 3.º grau;
- 7 -Divisão de Funding, Fundos Comunitários e Relações Internacionais;
- 8 -Unidade de Estratégia, Inovação e Sustentabilidade, que corresponde a uma unidade de direção intermédia de 3.º grau;
- 9 -Unidade de Coordenação de Transportes Públicos de Passageiros, que corresponde a uma unidade de direção intermédia de 3.º grau