1 - A Biblioteca é dirigida por um Chefe de Divisão, cargo de direção intermédia de 2.º grau ou, na ausência de provimento deste, coordenada diretamente pelo Diretor de Serviços.
2 - A Biblioteca constitui um sistema integrado que engloba todas as unidades funcionais de biblioteconomia, recursos eletrónicos e apoio ao utilizador, centros de documentação especializados e dinamização cultural.
3 - Da Biblioteca dependem cinco núcleos ou polos:
a) Biblioteca do Colégio do Espírito Santo, onde está sedeado o seu serviço central;
b) Biblioteca do Colégio Luís António Verney;
c) Biblioteca da Escola Superior de Enfermagem São João de Deus;
d) Biblioteca Jorge Araújo, no Colégio dos Leões, onde se inclui a Mediateca;
e) Biblioteca do Colégio da Mitra.
3 - Para além destes núcleos, a Biblioteca inclui também:
a) Centro de Documentação do Colégio Pedro da Fonseca (ver regulamento próprio);
b) Centro de Documentação Europeia;
c) Mediateca;
d) Centro de Recursos para a Inclusão.