As unidades orgânicas flexíveis não integradas em unidades orgânicas nucleares são as seguintes:
- a)Gabinete de Apoio aos Órgãos Autárquicos;
- b)Gabinete de Auditoria, Controlo de Gestão e Excelência;
- c)Gabinete de Comunicação e Relações Públicas, que inclui a Direção Intermédia de 3.º Grau: Unidade de Protocolo;
- d)Gabinete de Proteção de Dados;
- e)Gabinete de Informação Estratégica;
- f)Gabinete Médico Veterinário;
- g)Matosinhos, Cidade Europeia do Desporto 2025.