O médico veterinário municipal é a autoridade sanitária veterinária concelhia, a nível da respetiva área geográfica de atuação e as competências e deveres são as constantes do Decreto-Lei n.º 116/98, de 5 de maio, designadamente:
A) No exercício da função de Médico Veterinário Municipal:
a1) Colaborar na execução das tarefas de inspeção higiosanitária e controlo higiosanitário das instalações para alojamento de animais, dos produtos de origem animal e dos estabelecimentos comerciais ou industriais onde se abatam, preparem, produzam, transformem, fabriquem, conservem, armazenem ou comercializem animais ou produtos de origem animal e seus derivados;
a2) Emitir parecer, nos termos da legislação vigente, sobre as instalações e estabelecimentos referidos na alínea anterior;
a3) Elaborar e remeter, nos prazos fixados, a informação relativa ao movimento nosonecrológico dos animais;
a4) Notificar de imediato as doenças de declaração obrigatória e adotar prontamente as medidas de profilaxia determinadas pela autoridade sanitária veterinária nacional sempre que sejam detetados casos de doenças de caráter epizoótico;
a5) Emitir guias sanitárias de trânsito;
a6) Participar nas campanhas de saneamento ou de profilaxia determinadas pela autoridade sanitária veterinária nacional do respetivo município;
a7) Colaborar na realização do recenseamento de animais, de inquéritos de interesse pecuário e ou económico e prestar informação técnica sobre abertura de novos estabelecimentos de comercialização, de preparação e de transformação de produtos de origem animal.
B) No exercício da função de Autoridade Sanitária Veterinária Concelhia:
b1) Colaborar com Ministérios e outros organismos da Administração Central, na área do Município, em todas as ações levadas a efeito nos domínios da sanidade animal, da higiene pública veterinária, do melhoramento zootécnico e da economia e comércio pecuários programados pelos serviços competentes.
b2) No exercício da sua atividade como autoridade sanitária veterinária concelhia e numa ação integrada com a Divisão Águas, Saneamento e Saúde Pública, o médico veterinário municipal deverá articular-se com a autoridade de saúde concelhia nos aspetos relacionados com a saúde humana, tendo poderes para solicitar a colaboração e intervenção das autoridades administrativas, policiais e de fiscalização das atividades económicas.
b3) Cabe ainda ao médico veterinário municipal, no âmbito das suas competências e em articulação com a Divisão Obras Municipais, Ambiente e Saúde Pública, entregar ao seu superior hierárquico, em periodicidade a definir, um relatório das atividades integradas desenvolvidas no concelho, bem como um relatório das situações irregulares inspeções e das diligências feitas para a sua resolução e ou proposta de procedimento a adotar nessas situações.
b4) No exercício da sua atividade como autoridade sanitária veterinária concelhia e, numa ação intersetorial, em articulação com a Divisão Obras Municipais, Ambiente e Saúde Pública, tomar qualquer decisão, sempre que se justifique, por necessidade técnica ou científica, que entenda indispensável ou relevante para a prevenção e correção de fatores ou situações suscetíveis de causarem prejuízos graves à saúde pública, bem como nas competências relativas à garantia de salubridade dos produtos de origem animal.