Para além do respeito pelos princípios gerais de organização e atividade administrativa, na prossecução das suas atribuições a JFO observa, em especial, os seguintes princípios de organização:
- a)Da administração aberta, permitindo a participação dos Cidadãos através do permanente conhecimento dos processos que lhes digam respeito e das formas de associação às decisões consentidas por lei;
- b)Da eficácia, visando a melhor aplicação dos meios disponíveis à prossecução do interesse público autárquico;
- c)Da coordenação dos serviços e racionalização dos circuitos administrativos, visando observar a necessária articulação entre as diferentes unidades orgânicas e tendo em vista dar célere e integral execução às deliberações e decisões dos órgãos da JFO;
- d)Respeito pela cadeia hierárquica, impondo que nos processos administrativos de preparação das decisões participem os titulares dos cargos de direção e chefia, sem prejuízo da necessária celeridade, eficiência e eficácia;
- e)bem como pelos demais princípios constitucionais aplicáveis à atividade administrativa e acolhidos no Código do Procedimento Administrativo.