1 - O(A) Diretor(a) do CISAS é eleito(a) entre os membros integrados do CISAS.
2 - O mandato do(a) Diretor(a) tem a duração de quatro anos, podendo ser renovado uma única vez.
3 - O(A) Diretor(a) pode ser coadjuvado(a) por até dois(duas) subdiretores(as) por si nomeados(as).
4 - Compete ao(à) Diretor(a):
a) Representar o CISAS;
b) Integrar o Conselho Técnico-científico Coordenador do IPVC;
c) Assegurar a coordenação científica, a direção executiva e a gestão dos recursos do CISAS;
d) Presidir ao Conselho Científico, convocando e conduzindo as suas reuniões;
e) Promover a eleição dos investigadores responsáveis dos grupos de investigação, em sufrágio direto em reunião de Conselho Científico convocada para o efeito, assim como destituir em caso de incumprimento ou incapacidade, devidamente fundamentadas;
f) Presidir à Comissão Científica, composta pelos responsáveis dos grupos de investigação;
g) Cumprir e fazer cumprir os estatutos do CISAS;
h) Garantir, administrativamente, a implementação das decisões do Conselho Científico;
i) Gerir os meios humanos e materiais do CISAS;
j) Promover a elaboração dos:
a) Plano de atividades e orçamento;
b) Relatório de atividades e contas.
k) Promover a avaliação anual das atividades e membros do CISAS e aplicar as regras e critérios de coordenação de recursos definidos pelo Conselho Científico;
l) Apreciar pedidos de aquisição de equipamentos, de deslocações ou outros, previstos no Regulamento Financeiro;
m) Promover as atividades necessárias ao bom funcionamento da Comissão Externa de Acompanhamento Científico;
n) Promover as atividades necessárias ao bom funcionamento da Comissão Consultiva;
o) Coordenar entre as diferentes entidades parceiras o modelo de colaboração e investigação, a transcrever anualmente no Plano de atividades;
p) Conduzir as atividades necessárias para submissão do CISAS aos procedimentos de avaliação instituídos pela entidade competente de gestão do sistema científico e tecnológico nacional;
q) Executar as delegações de competências que lhe forem atribuídas pelos órgãos do IPVC e pelo Conselho Científico;
r) Promover quaisquer iniciativas que considere necessárias ao funcionamento do CISAS e à coesão e motivação dos seus investigadores;
s) Em casos particulares, o(a) Diretor(a) poderá delegar explicitamente competências em qualquer subdiretor(a).