O ISDOM subordina-se aos seguintes princípios gerais de funcionamento:
- a)Independência em relação a qualquer força ou instituição política, social, económica ou religiosa;
- b)Autonomia científica e pedagógica;
- c)Estrutura departamental, baseada em áreas científicas, visando realizar simultaneamente a justa autonomia e a necessária interdisciplinaridade de todas as ciências;
- d)Incremento e aprofundamento das relações com as empresas e outras organizações, por forma a tornar mais eficaz o ensino ministrado e a investigação científica realizada;
- e)Colaboração e intercâmbio com instituições congéneres, nacionais e estrangeiras, designadamente dos países de língua oficial portuguesa;
- f)Participação do corpo docente e do corpo discente.