À Direção Académica compete desempenhar todas as funções no domínio da gestão administrativa respeitante aos alunos e às atividades de ensino de CIÊNCIAS e ainda prestar apoio à tomada de decisão superior, bem como divulgar a informação relevante e assegurar o reporte à Universidade de Lisboa e demais organismos oficiais.
A.1. À Área de Estudos Pós-Graduados compete assegurar a gestão eficiente dos processos técnico-administrativos dos alunos dos cursos pós-graduados (cursos não conferentes de grau e cursos de 2.º e 3.º ciclos) e dos processos de agregação.
A.1.1. Ao Gabinete de Doutoramentos compete assegurar a gestão eficiente dos processos técnico-administrativos dos cursos de 3.º ciclo e processos de agregação.
A.1.2. Ao Gabinete de Mestrados compete assegurar a gestão eficiente dos processos técnico-administrativos dos cursos de 2.º ciclo e dos cursos não conferentes de grau.
A.2. À Área de Estudos Graduados compete assegurar a gestão eficiente dos processos técnico-administrativos dos alunos dos cursos de graduação (cursos de 1.º ciclo).
A.3. Ao Gabinete de Organização Pedagógica compete assegurar a gestão eficiente da informação necessária ao funcionamento das atividades letivas, bem como a produção de horários que assegurem o uso eficiente dos espaços de CIÊNCIAS no âmbito daquelas atividades, ou de outras, mediante solicitação, e que promovam uma gestão racional das atividades dos alunos e dos docentes.
A.4. Ao Gabinete de Desenvolvimento Académico e Formação compete a investigação, implementação e divulgação de estratégias inovadoras que promovam a melhoria da qualidade do ensino.
A.5. Ao Núcleo de Apoio ao Aluno compete integrar e acompanhar os alunos de CIÊNCIAS, contribuindo para a resolução de problemas que afetem a sua aprendizagem ou o sucesso escolar.