No capítulo da investigação considera-se a investigação interna e externa:
- a)Investigação Interna - a investigação desenvolvida pelo Museu centra-se principalmente no estudo das suas coleções;
- b)Investigação externa - o Museu assume como sua obrigação, dentro das limitações de pessoal e espaços a que está sujeito, colaborar com os investigadores, centros de investigação, escolas e universidades, e outras entidades públicas e privadas com atuação sobre o património ferroviário - procurando sempre que possível o estabelecimento de protocolos - facultando-lhes o acesso às coleções e à documentação inerente a estas.