À Direção Académica compete desempenhar todas as funções no domínio da gestão do percurso académico e certificação de estudantes, a gestão do acesso e reconhecimento de habilitações, assim como processos de agregação e habilitação, e ainda prestar apoio à tomada de decisão superior, bem como divulgar a informação relevante e assegurar o reporte aos organismos oficiais em matérias da sua área de atuação.
B.1 - À Área de Estudos Graduados compete assegurar a gestão do percurso académico de estudantes dos cursos de graduação (cursos de 1.º ciclo).
B.2 - À Área de Estudos Pós-Graduados compete assegurar a gestão do percurso académico de estudantes dos cursos pós-graduados (cursos não conferentes de grau e cursos de 2.º e 3.º ciclos) e dos processos de agregação e habilitação.
B.2.1 - Ao Gabinete de Doutoramentos compete assegurar a gestão do percurso académico de estudantes dos cursos de 3.º ciclo, bem como a gestão dos processos de agregação e de habilitação.
B.2.2 - Ao Gabinete de Mestrados compete assegurar a gestão do percurso académico de estudantes dos cursos de 2.º ciclo e dos cursos não conferentes de grau.
B.3 - Ao Gabinete de Organização Académica compete assegurar a gestão da informação necessária ao funcionamento das atividades letivas, bem como a produção de horários que assegurem o uso eficiente dos espaços de CIÊNCIAS ULisboa no âmbito daquelas atividades, ou de outras, mediante solicitação, e que promovam uma gestão racional das atividades dos alunos e dos docentes.