A hierarquia protocolar dos titulares dos órgãos da Ordem é a seguinte:
a) Bastonário da Ordem;
b) Presidente da assembleia de representantes;
c) Presidente do conselho superior;
d) Presidentes dos conselhos regionais;
e) Presidentes dos conselhos disciplinares regionais;
f) Presidentes dos conselhos das sub-regiões e dos conselhos médicos dos Açores e da Madeira;
g) Restantes membros dos órgãos eleitos da Ordem.