1 - O EMGFA é chefiado pelo Chefe do Estado-Maior-General das Forças Armadas e compreende:
a) O comando conjunto para as operações militares;
b) Os comandos dos Açores e da Madeira;
c) Os órgãos de direção e de estado-maior;
d) O órgão de informações e de segurança militares;
e) A Direção de Saúde Militar;
f) Os órgãos de apoio geral.
2 - No âmbito do EMGFA inserem-se ainda na dependência direta do Chefe do Estado-Maior-General das Forças Armadas, regulados por legislação própria:
a) O Instituto Universitário Militar;
b) As missões militares no estrangeiro.
3 - O comando conjunto para as operações militares assegura o exercício do comando operacional das forças e meios da componente operacional do sistema de forças, pelo Chefe do Estado-Maior-General das Forças Armadas, em todo o tipo de situações e para as missões das Forças Armadas, com exceção das reguladas por legislação própria e atribuídas aos ramos, bem como a ligação com as forças e serviços de segurança e outros organismos do Estado relacionados com a segurança e defesa e a proteção civil, no âmbito das suas atribuições.
4 - Os comandos dos Açores e da Madeira destinam-se a assegurar o planeamento, o treino operacional conjunto e o emprego operacional das forças e meios que lhes forem atribuídos.
5 - Os órgãos de direção e de estado-maior, de natureza conjunta, asseguram o planeamento de nível estratégico militar e o apoio à decisão do Chefe do Estado-Maior-General das Forças Armadas.
6 - O órgão de informações e de segurança militares assegura a produção de informações necessárias ao cumprimento das missões das Forças Armadas e à garantia da segurança militar.
7 - A Direção de Saúde Militar assegura o apoio ao Chefe do Estado-Maior-General das Forças Armadas no âmbito da saúde militar, bem como a direção e execução da assistência hospitalar prestada pelos órgãos de saúde militar, designadamente pelo Hospital das Forças Armadas.
8 - (Revogado).
9 - (Revogado).
10 - Os órgãos de apoio geral asseguram o apoio logístico, administrativo e financeiro necessários ao funcionamento do EMGFA.