Os custos de funcionamento e as atividades do Conselho, dos conselhos regionais e secções e subsecções locais, bem como os das comissões temáticas e do conselho permanente, são financiados através de verba global inscrita anualmente como dotação própria no orçamento do Ministério dos Negócios Estrangeiros, distribuída pelas estruturas nos termos a fixar por despacho do membro do Governo responsável pelas áreas da emigração e das comunidades portuguesas, ouvido o conselho permanente.