1 - Compete à comissão directiva assegurar a gestão do Fundo, devendo, para o efeito, designadamente:
a) Assegurar as relações do Fundo com os respectivos participantes, com a ACSS, com as instituições e serviços do SNS com a natureza de entidade pública empresarial e com a Direcção-Geral do Tesouro e Finanças (DGTF);
b) Elaborar anualmente o relatório de actividades do Fundo;
c) Deliberar sobre a aplicação das disponibilidades do Fundo;
d) Propor ao membro do Governo responsável pela área das finanças a contracção de empréstimos;
e) Propor aos membros do Governo responsáveis pelas áreas das finanças e da saúde a alteração da taxa de remuneração das unidades de participação e da taxa de remuneração dos adiantamentos praticados pelo Fundo.
2 - O apoio técnico, logístico e administrativo prestado à comissão directiva é assegurado pela DGTF mediante o pagamento por parte do Fundo de um valor trimestral correspondente a um oitavo de ponto percentual por mil sobre o capital do Fundo existente no final de cada trimestre.