A organização interna da FCT, I. P., é constituída pelas seguintes unidades orgânicas:
a) Departamento de Programas e Projetos;
b) Departamento de Suporte à Rede de Instituições Científicas e Tecnológicas;
c) Departamento de Formação dos Recursos Humanos;
d) Departamento das Relações Internacionais;
e) Departamento da Sociedade de Informação ;
f) Departamento de Gestão e Administração.