Compete ao Departamento de Programas e Projetos, abreviadamente designado por DPP:
a) Assegurar a gestão corrente dos programas e projetos de investigação científica e desenvolvimento tecnológico financiados ou cofinanciados pela FCT, I. P.;
b) Assegurar as atividades necessárias ao acompanhamento pelos conselhos científicos dos programas e projetos apoiados;
c) Promover as ações necessárias aos trabalhos de avaliação de candidaturas a financiamento de programas e projetos de investigação científica e desenvolvimento tecnológico;
d) Promover a articulação dos programas e projetos financiados pela FCT, I. P., com os participados por outras instituições;
e) Prestar assessoria especializada ao conselho diretivo nas áreas de avaliação e auditoria de programas e projetos de investigação e desenvolvimento, de conceção de programas e de promoção da transferência do conhecimento a nível nacional.