1 - A organização interna da ANQEP, I. P., é constituída pelas seguintes unidades orgânicas nucleares:
a) O departamento de qualificação de jovens;
b) O departamento de qualificação de adultos;
c) O departamento do catálogo nacional de qualificações;
d) O Departamento de Gestão Financeira.
2 - Por deliberação do conselho diretivo podem ainda ser criadas, modificadas ou extintas unidades flexíveis, designadas por divisões ou gabinetes, integradas ou não em unidades orgânicas nucleares, cujo número não pode exceder o limite máximo de cinco unidades, sendo as respetivas competências definidas e aprovadas pelo mesmo órgão.
3 - A gestão de recursos humanos integra uma das unidades orgânicas flexíveis previstas no número anterior e a gestão de projetos e de financiamento europeu uma ou duas dessas unidades orgânicas flexíveis.