Os Centros de Referência têm como objetivos:
a) Melhorar a capacidade diagnóstica e de tratamento de várias patologias médicas e cirúrgicas;
b) Agregar capacidade de resposta sinérgica em torno de entidades nosológicas com afinidades nas suas manifestações e abordagens diagnósticas e terapêuticas;
c) Maximizar o potencial inovador das ciências médicas e das tecnologias da saúde, conduzindo investigação científica de impacto internacional;
d) Disponibilizar cuidados de saúde de elevada especialização, traduzidos em melhorias significativas na sua qualidade, custo-efetividade e segurança;
e) Prestar cuidados de saúde de elevada qualidade, eficientes e acessíveis, aos doentes cuja condição clínica exija uma concentração especial de conhecimentos médicos altamente diferenciados;
f) Disseminar boas práticas;
g) Contribuir para a reforma estrutural do sector hospitalar.