A organização interna dos serviços do Instituto de Gestão Financeira da Educação, I. P., abreviadamente designado por IGeFE, I. P., obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
a) Nas áreas de atividade relativas à prossecução de atribuições nos domínios orçamental, sistemas e tecnologias de informação, compras públicas, centralização de vencimentos, apoio jurídico e apoio à decisão, é adotado o modelo de estrutura hierarquizada;
b) Nas áreas de atividade relativas ao desenvolvimento de projetos transversais relacionados com a modernização dos sistemas administrativos e dos processos de trabalho e a interoperabilidade dos sistemas de informação, é adotado o modelo de estrutura matricial.