A organização interna do IGeFE, I. P., é constituída pelas seguintes unidades orgânicas nucleares:
a) Departamento de Planeamento e Coordenação Orçamental;
b) (Revogada.)
c) Departamento do Orçamento da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior;
d) (Revogada.)
e) Departamento de Administração Geral;
f) Departamento de Gestão e de Recursos Humanos.
g) Departamento da Rede Escolar e Projetos;
h) Departamento de Gestão de Infraestruturas Tecnológicas;
i) Departamento de Sistemas de Informação.