Compete à comissão executiva:
a) Dirigir o Departamento de acordo com a legislação em vigor, com as normas gerais do Instituto e do presente Regulamento e com as decisões e orientações estabelecidas pelo conselho de departamento;
b) Gerir os meios humanos e materiais postos à disposição do Departamento, de acordo com as dotações orçamentais que lhe forem atribuídas pelos órgãos de gestão do Instituto e com as receitas próprias resultantes de contratos com o exterior;
c) Submeter ao conselho de departamento as contas anuais e plurianuais, para o que os serviços centrais do Instituto fornecerão o necessário apoio;
d) Assegurar a coordenação entre as diferentes secções do Departamento;
e) Garantir a realização das eleições previstas no presente Regulamento e demais normas internas e informar os órgãos de gestão do Instituto dos respectivos resultados;
f) Preparar acordos e contratos de prestação de serviços, submetê-los à aprovação do conselho de departamento, deles informar os órgãos de gestão do Instituto e celebrá-los;
g) Dar andamento às propostas de admissão de pessoal que seja de afectar ao Departamento e de renovação e rescisão dos respectivos contratos;
h) Zelar pela boa conservação das instalações e do equipamento adstrito ao Departamento, para o que os órgãos de gestão do Instituto deverão facultar os meios necessários;
i) Apresentar anualmente ao conselho de departamento o relatório das suas actividades;
j) Preparar as reuniões do conselho e da comissão coordenadora do Departamento e executar as suas deliberações.