Os entrepostos devem assegurar as seguintes condições específicas de funcionamento:
a) As instalações dos entrepostos devem ser reservadas exclusivamente para esse fim e os animais só podem permanecer no entreposto pelo período indispensável à realização das operações inerentes ao objetivo do entreposto, nunca ultrapassando os 30 dias;
b) Assegurar um vazio sanitário por mês, por cada sector independente da instalação, com o seu total esvaziamento, limpeza e desinfeção;
c) Proceder à limpeza e desinfeção dos parques após a saída dos animais e outras operações de defesa sanitária e ambiental que sejam determinadas pelos serviços competentes;
d) Os entrepostos só podem operar com animais provenientes de explorações com classificação sanitária diferente, desde que estes animais se destinem exclusivamente a abate imediato;
e) Só podem admitir animais identificados e provenientes de explorações sem restrições sanitárias, devendo o proprietário ou o responsável do entreposto proceder ou mandar proceder à verificação da identificação ou da marcação de origem dos animais e dos documentos sanitários ou outros documentos de acompanhamento específicos da espécie ou categoria em questão.